В СВФУ и его филиалах проходит обучение по 128 направлениям подготовки/специальностям (НПС) высшего и среднего профессионального образования, из них 115 НПС высшего образования и 13 специальностей СПО реализуются в головном вузе. СВФУ (с филиалами) реализует 458 основных образовательных программ, включая 447 программ высшего образования и 11 программ СПО. Программы высшего образования включают 191 программу бакалавриата, 31 программу специалитета, 135 программ магистратуры, 61 программу аспирантуры и 29 программ ординатуры.
Международное сотрудничество является одним из главных аспектов деятельности СВФУ. Северо-Восточный федеральный университет сотрудничает с десятками университетов-партнеров, колледжей, научно-исследовательских центров мира. Уникальное геополитическое положение университета определяет приоритеты взаимодействия, в которые в первую очередь входят страны Азиатско-Тихоокеанского и Арктического регионов.
СВФУ плодотворно сотрудничает с университетами Республики Корея, Японии, КНР, США, Канады, Финляндии, Швеции, Норвегии, Исландии, Великобритании, Германии, Франции, Польши, Швейцарии, СНГ и т. д.
Горный институт, Инженерно-технический институт, Институт естественных наук, Институт зарубежной филологии и регионоведения, Институт математики и информатики, Институт психологии, Институт физической культуры и спорта, Институт языков и культуры народов Северо-Востока РФ, Медицинский институт, Педагогический институт, Финансово-экономический институт, Физико-технический институт